酶的定义
为了维持生命，生命体必须不断进行新陈代谢，新陈代谢是由许许多多的化学反应组成，也就是说生物体内不断地进行着各种各样的化学变化：
有机物←—→H2O+CO2+能量
这些化学反应，在体外反应通常是在高温、高压、强酸、强碱等剧烈条件下才能发生，一些反应在实验室根本就不能进行。但它们在生物体内，一个极为温和的条件下却可以进行，而且进行得还很快，为什么？这是因为生物体内存在一种特殊的催化剂——酶。人们对酶的认识起源于生产与生活实践。夏禹时代，人们掌握了酿酒技术。公元前十二世纪周朝，人们酿酒，制作饴糖和酱。春秋战国时期已知用麴治疗消化不良的疾病。近代酶制剂是1833年由库恩提出，是指生活的酵母可使糖类发酵成酒精的催化物质，也称为酵素。
我们在生活中常常接触到酶。例如：吃馒头时多嚼一会，就会感觉到甜味。这是因为我们口腔里唾液的淀粉酶。能把馒头中的淀粉水解成麦芽糖和糊精。医生常用多酶片给病人治疗消化不良。多酶片含有蛋白酶、淀粉酶、以及脂肪酶。蛋白酶能将蛋白质水解成氨基酸；淀粉酶能把淀粉水解成葡萄糖；脂肪酶能将脂肪水解成脂肪酸和甘油。那么，酶是什么呢？酶是由细胞产生的具有催化能力的生物催化剂，生物体内一切生化反应都需要酶催化才能进行。酶的定义为：由活细胞产生的、有高度专一性和高效催化作用的生物大分子。
酶的化学本质的发现
对酶的研究可以认为是贯穿生物化学的发展历史。人们对于生物催化的认识和描述始于18世纪对胃分泌物消化食物的研究。此研究一直持续到19世纪。
在此前，大多人们认为胃消化是物理反应，是胃将食物磨碎的。而在1783年，意大利科学家斯巴兰让尼设计了一个巧妙的实验：将肉块放入小巧的金属笼内，然后让老鹰把小笼子吞下去，这样，肉块就可以不受胃的物理性消化的影响，而胃液却可以流入内。过一段时间后，他把小笼子取出来，发现笼内的肉块消失了。于是，他推断胃液中一定含有消化肉的物质。1836年德国，施旺在胃液中提取了消化蛋白质的物质，揭开了胃的消化之谜。1897年，Buchner兄弟用不含细胞的酵母汁成功实现了发酵。提出了发酵与活细胞无关，而与细胞液中的酶有关。在酶发现的历史上，人类对酶的化学本质认知经历了三次重大的飞跃。
1.第一次飞跃
1926年，Jame Summer由刀豆制出脲酶结晶，对脲酶的分离和结晶是早期酶学研究的重大突破。Summer通过化学实验证实了脲酶是一种蛋白质，从而确立酶是蛋白质的观念，因为其具有所以蛋白质性质。但由于缺乏更多的例证，这个观点在那时是由争议的。直到20世纪30年代，John Northrop和Moses Kunitz结晶出胃蛋白酶、胰蛋白酶及其他消化酶发现它们都是蛋白质以后，Summer的结论才被广泛接受。Summer也因此荣获了1964年诺贝尔化学奖。在1926年Summer首次证明脲酶具有蛋白性质以来，人们普遍认为所有的酶都是蛋白质。并且发现的几千种酶都是蛋白质，所以20世纪30年代，科学家对酶定义为：酶是一类具有生物催化作用的蛋白质。
按照化学成分组成，蛋白质可以分为简单蛋白质和结合蛋白质；同理，酶也可以分为单纯酶和结合酶。有些酶如脲酶、胃蛋白酶、脂肪酶等，其活性仅仅取决于它的蛋白质结构。这类酶属于单纯酶。另一些酶如乳酶脱氢酶、细胞色素氧化酶等，除了需要蛋白质外，还需要非蛋白质的小分子物质，才有催化活性。这类酶属于结合酶。前者称为酶蛋白，后者称为辅助因子。酶蛋白与辅助因子结合之后所形成的复合物，称为“全酶”。只有全酶才有催化活性。
2.第二次飞跃
1982、1983年，Ceeh发现四膜虫的25S rRNA前体在有鸟苷存在，而完全无蛋白质的情况下能进行自我拼接，因此Ceeh首次提出了RNA具有酶活性的概念。1983年Altman和Pace的实验分别证实了Ceeh的发现，1986年Ceeh又发现了L19RNA也有经典的酶促作用的特征，并且L19RNA在催化过程中既有核糖核酸酶活性，又有RNA聚合酶活性。于是他得出L19RNA也是一种酶的结论。Ceeh和Altman为此荣获1989年的诺贝尔化学奖。
在这之后发现RNA催化剂愈来愈多，它们在tRNA、rRNA和mRNA的成熟以及其他一些重要生化反应中表现出催化活性。因此，科学家又一次对酶定义为：酶是活细胞产生的具有生物催化功能的有机物，其中大部分是蛋白质，少数是RNA。
3.第三次飞跃
1994年Toyce等人的研究证实了具有酶活性的DNA的存在。最小的DNA催化剂是由47个核苷酸组成的单链DNA-E47，用于连接两段底物DNA；S1和S2，结果出现预期的连接产物。产物的形成还需要S1的3’-磷酸基团被活化。由E47催化的连接反应比无模板的情况至少快1015倍。这样使人们认识到除了蛋白质和RNA具有酶的功能外，某些DNA也具有酶的功能，实现了人类对酶的化学本质的认识的第三次重大飞跃。科学家再次对酶定义：酶是活细胞产生的具有生物催化功能的有机物，其中大部分是蛋白质，少数是RNA或DNA。
酶的命名
国家酶学委员会建议，每一种具体的酶都有其推荐名和系统命名。
推荐名：酶的推荐名一般由两部分组成：第一部分为底物名称，第二部分为催化反应的类型。后面加一个酶字。不管酶催化的反应是正反应还是逆反应，都用同一个名称。例如，葡萄糖氧化酶，表明该酶的作用底物是葡萄糖，催化反应类型属于氧化反应。对于水解酶类，其催化的是水解反应，在命名时可以省去说明反应类型的水解字样，只在底物名称之后加上酶字即可。例如淀粉酶，蛋白酶，乙酰胆碱酶等，必要时还可以再加上酶的来源或其特性，如木瓜蛋白酶，酸性磷酸酶等。
系统命：酶的系统名称包括了酶的作用底物、酶作用的基团及催化反应的类型。例如，上述葡萄糖氧化酶的系统命名为“β-D-葡萄糖为氢的供体，氧为氢受体，催化作用在第一个碳原子的基团上进行，所催化的反应属于氧化还原反应，是一种氧化还原酶。
蛋白类酶的分类原则为：
①按照酶催化作用的类型，将蛋白类酶分为6大类。即第1大类，氧化还原酶；第2大类，转移酶；第3大类，水解酶；第4大类。裂合酶：第5大类，异构酶；第6大类，合成酶或连接酶。
②每个大类中，按照酶作用底物、化学键或基团的不同，分为若干亚类。
③每一亚类中再分为若干小类。
④每一小类中包含若干个具体的酶。
根据系统命名法，每一种具体的酶，除了有一个系统名称以外，还有一个系统编号。系统编号采用四码编号方法。第一个号码表示该酶属于6大类酶中的某一大类，第二个号码表示该酶属于该大类中的某一亚类，第三个号码表示属于亚类中的某一小类，第四个号码表示这一具体的酶在该小类中的序号。每个号码之间用圆点（· ）分开。
酶的定义
为了维持生命，生命体必须不断进行新陈代谢，新陈代谢是由许许多多的化学反应组成，也就是说生物体内不断地进行着各种各样的化学变化：
有机物←—→H2O+CO2+能量
这些化学反应，在体外反应通常是在高温、高压、强酸、强碱等剧烈条件下才能发生，一些反应在实验室根本就不能进行。但它们在生物体内，一个极为温和的条件下却可以进行，而且进行得还很快，为什么？这是因为生物体内存在一种特殊的催化剂——酶。人们对酶的认识起源于生产与生活实践。夏禹时代，人们掌握了酿酒技术。公元前十二世纪周朝，人们酿酒，制作饴糖和酱。春秋战国时期已知用麴治疗消化不良的疾病。近代酶制剂是1833年由库恩提出，是指生活的酵母可使糖类发酵成酒精的催化物质，也称为酵素。
我们在生活中常常接触到酶。例如：吃馒头时多嚼一会，就会感觉到甜味。这是因为我们口腔里唾液的淀粉酶。能把馒头中的淀粉水解成麦芽糖和糊精。医生常用多酶片给病人治疗消化不良。多酶片含有蛋白酶、淀粉酶、以及脂肪酶。蛋白酶能将蛋白质水解成氨基酸；淀粉酶能把淀粉水解成葡萄糖；脂肪酶能将脂肪水解成脂肪酸和甘油。那么，酶是什么呢？酶是由细胞产生的具有催化能力的生物催化剂，生物体内一切生化反应都需要酶催化才能进行。酶的定义为：由活细胞产生的、有高度专一性和高效催化作用的生物大分子。
酶的化学本质的发现
对酶的研究可以认为是贯穿生物化学的发展历史。人们对于生物催化的认识和描述始于18世纪对胃分泌物消化食物的研究。此研究一直持续到19世纪。
在此前，大多人们认为胃消化是物理反应，是胃将食物磨碎的。而在1783年，意大利科学家斯巴兰让尼设计了一个巧妙的实验：将肉块放入小巧的金属笼内，然后让老鹰把小笼子吞下去，这样，肉块就可以不受胃的物理性消化的影响，而胃液却可以流入内。过一段时间后，他把小笼子取出来，发现笼内的肉块消失了。于是，他推断胃液中一定含有消化肉的物质。1836年德国，施旺在胃液中提取了消化蛋白质的物质，揭开了胃的消化之谜。1897年，Buchner兄弟用不含细胞的酵母汁成功实现了发酵。提出了发酵与活细胞无关，而与细胞液中的酶有关。在酶发现的历史上，人类对酶的化学本质认知经历了三次重大的飞跃。
1.第一次飞跃
1926年，Jame Summer由刀豆制出脲酶结晶，对脲酶的分离和结晶是早期酶学研究的重大突破。Summer通过化学实验证实了脲酶是一种蛋白质，从而确立酶是蛋白质的观念，因为其具有所以蛋白质性质。但由于缺乏更多的例证，这个观点在那时是由争议的。直到20世纪30年代，John Northrop和Moses Kunitz结晶出胃蛋白酶、胰蛋白酶及其他消化酶发现它们都是蛋白质以后，Summer的结论才被广泛接受。Summer也因此荣获了1964年诺贝尔化学奖。在1926年Summer首次证明脲酶具有蛋白性质以来，人们普遍认为所有的酶都是蛋白质。并且发现的几千种酶都是蛋白质，所以20世纪30年代，科学家对酶定义为：酶是一类具有生物催化作用的蛋白质。
按照化学成分组成，蛋白质可以分为简单蛋白质和结合蛋白质；同理，酶也可以分为单纯酶和结合酶。有些酶如脲酶、胃蛋白酶、脂肪酶等，其活性仅仅取决于它的蛋白质结构。这类酶属于单纯酶。另一些酶如乳酶脱氢酶、细胞色素氧化酶等，除了需要蛋白质外，还需要非蛋白质的小分子物质，才有催化活性。这类酶属于结合酶。前者称为酶蛋白，后者称为辅助因子。酶蛋白与辅助因子结合之后所形成的复合物，称为“全酶”。只有全酶才有催化活性。
2.第二次飞跃
1982、1983年，Ceeh发现四膜虫的25S rRNA前体在有鸟苷存在，而完全无蛋白质的情况下能进行自我拼接，因此Ceeh首次提出了RNA具有酶活性的概念。1983年Altman和Pace的实验分别证实了Ceeh的发现，1986年Ceeh又发现了L19RNA也有经典的酶促作用的特征，并且L19RNA在催化过程中既有核糖核酸酶活性，又有RNA聚合酶活性。于是他得出L19RNA也是一种酶的结论。Ceeh和Altman为此荣获1989年的诺贝尔化学奖。
在这之后发现RNA催化剂愈来愈多，它们在tRNA、rRNA和mRNA的成熟以及其他一些重要生化反应中表现出催化活性。因此，科学家又一次对酶定义为：酶是活细胞产生的具有生物催化功能的有机物，其中大部分是蛋白质，少数是RNA。
3.第三次飞跃
1994年Toyce等人的研究证实了具有酶活性的DNA的存在。最小的DNA催化剂是由47个核苷酸组成的单链DNA-E47，用于连接两段底物DNA；S1和S2，结果出现预期的连接产物。产物的形成还需要S1的3’-磷酸基团被活化。由E47催化的连接反应比无模板的情况至少快1015倍。这样使人们认识到除了蛋白质和RNA具有酶的功能外，某些DNA也具有酶的功能，实现了人类对酶的化学本质的认识的第三次重大飞跃。科学家再次对酶定义：酶是活细胞产生的具有生物催化功能的有机物，其中大部分是蛋白质，少数是RNA或DNA。
酶的命名
国家酶学委员会建议，每一种具体的酶都有其推荐名和系统命名。
推荐名：酶的推荐名一般由两部分组成：第一部分为底物名称，第二部分为催化反应的类型。后面加一个酶字。不管酶催化的反应是正反应还是逆反应，都用同一个名称。例如，葡萄糖氧化酶，表明该酶的作用底物是葡萄糖，催化反应类型属于氧化反应。对于水解酶类，其催化的是水解反应，在命名时可以省去说明反应类型的水解字样，只在底物名称之后加上酶字即可。例如淀粉酶，蛋白酶，乙酰胆碱酶等，必要时还可以再加上酶的来源或其特性，如木瓜蛋白酶，酸性磷酸酶等。
系统命：酶的系统名称包括了酶的作用底物、酶作用的基团及催化反应的类型。例如，上述葡萄糖氧化酶的系统命名为“β-D-葡萄糖为氢的供体，氧为氢受体，催化作用在第一个碳原子的基团上进行，所催化的反应属于氧化还原反应，是一种氧化还原酶。
蛋白类酶的分类原则为：
①按照酶催化作用的类型，将蛋白类酶分为6大类。即第1大类，氧化还原酶；第2大类，转移酶；第3大类，水解酶；第4大类。裂合酶：第5大类，异构酶；第6大类，合成酶或连接酶。
②每个大类中，按照酶作用底物、化学键或基团的不同，分为若干亚类。
③每一亚类中再分为若干小类。
④每一小类中包含若干个具体的酶。
根据系统命名法，每一种具体的酶，除了有一个系统名称以外，还有一个系统编号。系统编号采用四码编号方法。第一个号码表示该酶属于6大类酶中的某一大类，第二个号码表示该酶属于该大类中的某一亚类，第三个号码表示属于亚类中的某一小类，第四个号码表示这一具体的酶在该小类中的序号。每个号码之间用圆点（· ）分开。
酶的定义
为了维持生命，生命体必须不断进行新陈代谢，新陈代谢是由许许多多的化学反应组成，也就是说生物体内不断地进行着各种各样的化学变化：
有机物←—→H2O+CO2+能量
这些化学反应，在体外反应通常是在高温、高压、强酸、强碱等剧烈条件下才能发生，一些反应在实验室根本就不能进行。但它们在生物体内，一个极为温和的条件下却可以进行，而且进行得还很快，为什么？这是因为生物体内存在一种特殊的催化剂——酶。人们对酶的认识起源于生产与生活实践。夏禹时代，人们掌握了酿酒技术。公元前十二世纪周朝，人们酿酒，制作饴糖和酱。春秋战国时期已知用麴治疗消化不良的疾病。近代酶制剂是1833年由库恩提出，是指生活的酵母可使糖类发酵成酒精的催化物质，也称为酵素。
我们在生活中常常接触到酶。例如：吃馒头时多嚼一会，就会感觉到甜味。这是因为我们口腔里唾液的淀粉酶。能把馒头中的淀粉水解成麦芽糖和糊精。医生常用多酶片给病人治疗消化不良。多酶片含有蛋白酶、淀粉酶、以及脂肪酶。蛋白酶能将蛋白质水解成氨基酸；淀粉酶能把淀粉水解成葡萄糖；脂肪酶能将脂肪水解成脂肪酸和甘油。那么，酶是什么呢？酶是由细胞产生的具有催化能力的生物催化剂，生物体内一切生化反应都需要酶催化才能进行。酶的定义为：由活细胞产生的、有高度专一性和高效催化作用的生物大分子。
酶的化学本质的发现
对酶的研究可以认为是贯穿生物化学的发展历史。人们对于生物催化的认识和描述始于18世纪对胃分泌物消化食物的研究。此研究一直持续到19世纪。
在此前，大多人们认为胃消化是物理反应，是胃将食物磨碎的。而在1783年，意大利科学家斯巴兰让尼设计了一个巧妙的实验：将肉块放入小巧的金属笼内，然后让老鹰把小笼子吞下去，这样，肉块就可以不受胃的物理性消化的影响，而胃液却可以流入内。过一段时间后，他把小笼子取出来，发现笼内的肉块消失了。于是，他推断胃液中一定含有消化肉的物质。1836年德国，施旺在胃液中提取了消化蛋白质的物质，揭开了胃的消化之谜。1897年，Buchner兄弟用不含细胞的酵母汁成功实现了发酵。提出了发酵与活细胞无关，而与细胞液中的酶有关。在酶发现的历史上，人类对酶的化学本质认知经历了三次重大的飞跃。
1.第一次飞跃
1926年，Jame Summer由刀豆制出脲酶结晶，对脲酶的分离和结晶是早期酶学研究的重大突破。Summer通过化学实验证实了脲酶是一种蛋白质，从而确立酶是蛋白质的观念，因为其具有所以蛋白质性质。但由于缺乏更多的例证，这个观点在那时是由争议的。直到20世纪30年代，John Northrop和Moses Kunitz结晶出胃蛋白酶、胰蛋白酶及其他消化酶发现它们都是蛋白质以后，Summer的结论才被广泛接受。Summer也因此荣获了1964年诺贝尔化学奖。在1926年Summer首次证明脲酶具有蛋白性质以来，人们普遍认为所有的酶都是蛋白质。并且发现的几千种酶都是蛋白质，所以20世纪30年代，科学家对酶定义为：酶是一类具有生物催化作用的蛋白质。
按照化学成分组成，蛋白质可以分为简单蛋白质和结合蛋白质；同理，酶也可以分为单纯酶和结合酶。有些酶如脲酶、胃蛋白酶、脂肪酶等，其活性仅仅取决于它的蛋白质结构。这类酶属于单纯酶。另一些酶如乳酶脱氢酶、细胞色素氧化酶等，除了需要蛋白质外，还需要非蛋白质的小分子物质，才有催化活性。这类酶属于结合酶。前者称为酶蛋白，后者称为辅助因子。酶蛋白与辅助因子结合之后所形成的复合物，称为“全酶”。只有全酶才有催化活性。
2.第二次飞跃
1982、1983年，Ceeh发现四膜虫的25S rRNA前体在有鸟苷存在，而完全无蛋白质的情况下能进行自我拼接，因此Ceeh首次提出了RNA具有酶活性的概念。1983年Altman和Pace的实验分别证实了Ceeh的发现，1986年Ceeh又发现了L19RNA也有经典的酶促作用的特征，并且L19RNA在催化过程中既有核糖核酸酶活性，又有RNA聚合酶活性。于是他得出L19RNA也是一种酶的结论。Ceeh和Altman为此荣获1989年的诺贝尔化学奖。
在这之后发现RNA催化剂愈来愈多，它们在tRNA、rRNA和mRNA的成熟以及其他一些重要生化反应中表现出催化活性。因此，科学家又一次对酶定义为：酶是活细胞产生的具有生物催化功能的有机物，其中大部分是蛋白质，少数是RNA。
3.第三次飞跃
1994年Toyce等人的研究证实了具有酶活性的DNA的存在。最小的DNA催化剂是由47个核苷酸组成的单链DNA-E47，用于连接两段底物DNA；S1和S2，结果出现预期的连接产物。产物的形成还需要S1的3’-磷酸基团被活化。由E47催化的连接反应比无模板的情况至少快1015倍。这样使人们认识到除了蛋白质和RNA具有酶的功能外，某些DNA也具有酶的功能，实现了人类对酶的化学本质的认识的第三次重大飞跃。科学家再次对酶定义：酶是活细胞产生的具有生物催化功能的有机物，其中大部分是蛋白质，少数是RNA或DNA。
酶的命名
国家酶学委员会建议，每一种具体的酶都有其推荐名和系统命名。
推荐名：酶的推荐名一般由两部分组成：第一部分为底物名称，第二部分为催化反应的类型。后面加一个酶字。不管酶催化的反应是正反应还是逆反应，都用同一个名称。例如，葡萄糖氧化酶，表明该酶的作用底物是葡萄糖，催化反应类型属于氧化反应。对于水解酶类，其催化的是水解反应，在命名时可以省去说明反应类型的水解字样，只在底物名称之后加上酶字即可。例如淀粉酶，蛋白酶，乙酰胆碱酶等，必要时还可以再加上酶的来源或其特性，如木瓜蛋白酶，酸性磷酸酶等。
系统命：酶的系统名称包括了酶的作用底物、酶作用的基团及催化反应的类型。例如，上述葡萄糖氧化酶的系统命名为“β-D-葡萄糖为氢的供体，氧为氢受体，催化作用在第一个碳原子的基团上进行，所催化的反应属于氧化还原反应，是一种氧化还原酶。
蛋白类酶的分类原则为：
①按照酶催化作用的类型，将蛋白类酶分为6大类。即第1大类，氧化还原酶；第2大类，转移酶；第3大类，水解酶；第4大类。裂合酶：第5大类，异构酶；第6大类，合成酶或连接酶。
②每个大类中，按照酶作用底物、化学键或基团的不同，分为若干亚类。
③每一亚类中再分为若干小类。
④每一小类中包含若干个具体的酶。
根据系统命名法，每一种具体的酶，除了有一个系统名称以外，还有一个系统编号。系统编号采用四码编号方法。第一个号码表示该酶属于6大类酶中的某一大类，第二个号码表示该酶属于该大类中的某一亚类，第三个号码表示属于亚类中的某一小类，第四个号码表示这一具体的酶在该小类中的序号。每个号码之间用圆点（· ）分开。
酶的定义
为了维持生命，生命体必须不断进行新陈代谢，新陈代谢是由许许多多的化学反应组成，也就是说生物体内不断地进行着各种各样的化学变化：
有机物←—→H2O+CO2+能量
这些化学反应，在体外反应通常是在高温、高压、强酸、强碱等剧烈条件下才能发生，一些反应在实验室根本就不能进行。但它们在生物体内，一个极为温和的条件下却可以进行，而且进行得还很快，为什么？这是因为生物体内存在一种特殊的催化剂——酶。人们对酶的认识起源于生产与生活实践。夏禹时代，人们掌握了酿酒技术。公元前十二世纪周朝，人们酿酒，制作饴糖和酱。春秋战国时期已知用麴治疗消化不良的疾病。近代酶制剂是1833年由库恩提出，是指生活的酵母可使糖类发酵成酒精的催化物质，也称为酵素。
我们在生活中常常接触到酶。例如：吃馒头时多嚼一会，就会感觉到甜味。这是因为我们口腔里唾液的淀粉酶。能把馒头中的淀粉水解成麦芽糖和糊精。医生常用多酶片给病人治疗消化不良。多酶片含有蛋白酶、淀粉酶、以及脂肪酶。蛋白酶能将蛋白质水解成氨基酸；淀粉酶能把淀粉水解成葡萄糖；脂肪酶能将脂肪水解成脂肪酸和甘油。那么，酶是什么呢？酶是由细胞产生的具有催化能力的生物催化剂，生物体内一切生化反应都需要酶催化才能进行。酶的定义为：由活细胞产生的、有高度专一性和高效催化作用的生物大分子。
酶的化学本质的发现
对酶的研究可以认为是贯穿生物化学的发展历史。人们对于生物催化的认识和描述始于18世纪对胃分泌物消化食物的研究。此研究一直持续到19世纪。
在此前，大多人们认为胃消化是物理反应，是胃将食物磨碎的。而在1783年，意大利科学家斯巴兰让尼设计了一个巧妙的实验：将肉块放入小巧的金属笼内，然后让老鹰把小笼子吞下去，这样，肉块就可以不受胃的物理性消化的影响，而胃液却可以流入内。过一段时间后，他把小笼子取出来，发现笼内的肉块消失了。于是，他推断胃液中一定含有消化肉的物质。1836年德国，施旺在胃液中提取了消化蛋白质的物质，揭开了胃的消化之谜。1897年，Buchner兄弟用不含细胞的酵母汁成功实现了发酵。提出了发酵与活细胞无关，而与细胞液中的酶有关。在酶发现的历史上，人类对酶的化学本质认知经历了三次重大的飞跃。
1.第一次飞跃
1926年，Jame Summer由刀豆制出脲酶结晶，对脲酶的分离和结晶是早期酶学研究的重大突破。Summer通过化学实验证实了脲酶是一种蛋白质，从而确立酶是蛋白质的观念，因为其具有所以蛋白质性质。但由于缺乏更多的例证，这个观点在那时是由争议的。直到20世纪30年代，John Northrop和Moses Kunitz结晶出胃蛋白酶、胰蛋白酶及其他消化酶发现它们都是蛋白质以后，Summer的结论才被广泛接受。Summer也因此荣获了1964年诺贝尔化学奖。在1926年Summer首次证明脲酶具有蛋白性质以来，人们普遍认为所有的酶都是蛋白质。并且发现的几千种酶都是蛋白质，所以20世纪30年代，科学家对酶定义为：酶是一类具有生物催化作用的蛋白质。
按照化学成分组成，蛋白质可以分为简单蛋白质和结合蛋白质；同理，酶也可以分为单纯酶和结合酶。有些酶如脲酶、胃蛋白酶、脂肪酶等，其活性仅仅取决于它的蛋白质结构。这类酶属于单纯酶。另一些酶如乳酶脱氢酶、细胞色素氧化酶等，除了需要蛋白质外，还需要非蛋白质的小分子物质，才有催化活性。这类酶属于结合酶。前者称为酶蛋白，后者称为辅助因子。酶蛋白与辅助因子结合之后所形成的复合物，称为“全酶”。只有全酶才有催化活性。
2.第二次飞跃
1982、1983年，Ceeh发现四膜虫的25S rRNA前体在有鸟苷存在，而完全无蛋白质的情况下能进行自我拼接，因此Ceeh首次提出了RNA具有酶活性的概念。1983年Altman和Pace的实验分别证实了Ceeh的发现，1986年Ceeh又发现了L19RNA也有经典的酶促作用的特征，并且L19RNA在催化过程中既有核糖核酸酶活性，又有RNA聚合酶活性。于是他得出L19RNA也是一种酶的结论。Ceeh和Altman为此荣获1989年的诺贝尔化学奖。
在这之后发现RNA催化剂愈来愈多，它们在tRNA、rRNA和mRNA的成熟以及其他一些重要生化反应中表现出催化活性。因此，科学家又一次对酶定义为：酶是活细胞产生的具有生物催化功能的有机物，其中大部分是蛋白质，少数是RNA。
3.第三次飞跃
1994年Toyce等人的研究证实了具有酶活性的DNA的存在。最小的DNA催化剂是由47个核苷酸组成的单链DNA-E47，用于连接两段底物DNA；S1和S2，结果出现预期的连接产物。产物的形成还需要S1的3’-磷酸基团被活化。由E47催化的连接反应比无模板的情况至少快1015倍。这样使人们认识到除了蛋白质和RNA具有酶的功能外，某些DNA也具有酶的功能，实现了人类对酶的化学本质的认识的第三次重大飞跃。科学家再次对酶定义：酶是活细胞产生的具有生物催化功能的有机物，其中大部分是蛋白质，少数是RNA或DNA。
酶的命名
国家酶学委员会建议，每一种具体的酶都有其推荐名和系统命名。
推荐名：酶的推荐名一般由两部分组成：第一部分为底物名称，第二部分为催化反应的类型。后面加一个酶字。不管酶催化的反应是正反应还是逆反应，都用同一个名称。例如，葡萄糖氧化酶，表明该酶的作用底物是葡萄糖，催化反应类型属于氧化反应。对于水解酶类，其催化的是水解反应，在命名时可以省去说明反应类型的水解字样，只在底物名称之后加上酶字即可。例如淀粉酶，蛋白酶，乙酰胆碱酶等，必要时还可以再加上酶的来源或其特性，如木瓜蛋白酶，酸性磷酸酶等。
系统命：酶的系统名称包括了酶的作用底物、酶作用的基团及催化反应的类型。例如，上述葡萄糖氧化酶的系统命名为“β-D-葡萄糖为氢的供体，氧为氢受体，催化作用在第一个碳原子的基团上进行，所催化的反应属于氧化还原反应，是一种氧化还原酶。
蛋白类酶的分类原则为：
①按照酶催化作用的类型，将蛋白类酶分为6大类。即第1大类，氧化还原酶；第2大类，转移酶；第3大类，水解酶；第4大类。裂合酶：第5大类，异构酶；第6大类，合成酶或连接酶。
②每个大类中，按照酶作用底物、化学键或基团的不同，分为若干亚类。
③每一亚类中再分为若干小类。
④每一小类中包含若干个具体的酶。
根据系统命名法，每一种具体的酶，除了有一个系统名称以外，还有一个系统编号。系统编号采用四码编号方法。第一个号码表示该酶属于6大类酶中的某一大类，第二个号码表示该酶属于该大类中的某一亚类，第三个号码表示属于亚类中的某一小类，第四个号码表示这一具体的酶在该小类中的序号。每个号码之间用圆点（· ）分开。
